Em parceria com a Cientec, empresa especializada em desenvolvimento de softwares, o projeto tomou maiores proporções surgindo, em julho de 2001, a primeira versão do software Mata Nativa.

         Desde então, o software tem sido utilizado em diversas áreas e para diferentes finalidades. Empresas de consultoria têm utilizado o Mata Nativa para a produção de seus inventários florestais e planos de manejo. Muitas universidades, através de seus pesquisadores e alunos, têm utilizado o software para processar suas pesquisas, sendo que diversas teses e trabalhos científicos aplicaram o Mata Nativa em sua metodologia. Departamentos de Engenharia Florestal e de Botânica adotaram o software no seu dia-a-dia, tendo como exemplos a UFV, UFES, UFRPE, UFMT, UFPR, UnB, UFSM, UFPI, UFRJ, UFRA, UFPB, UFRGS e USP.

        Assim o programa tornou-se um sucesso na área de conservação dos recursos florestais e manejo sustentável, permitindo realizar a interpretação das características da vegetação através de análises fitossociológicas e realização de inventários florestais.

        Diversos cursos já foram realizados para capacitar novos usuários do software. A participação do grupo de trabalho do Mata Nativa em congressos e feiras é constante, com publicação de artigos em congressos nacionais e internacionais.

        Desde o início do desenvolvimento, uma equipe de dedicados profissionais tem atuado para promover uma melhoria contínua no software. A Cientec, como responsável por seu desenvolvimento e comercialização, tem recebido o feedback dos usuários e incorporado as críticas e sugestões para oferecer uma ferramenta mais completa.

        Destas melhorias e ampliações, surgiu o Mata Nativa 2. Uma versão que procura atender à maioria das solicitações de seus usuários e superar suas expectativas com novas funcionalidades que otimizam e facilitam seus trabalhos.